2020년 7월 2일, 추미애 법무장관은 윤석열 검찰총장에 대해 수사지휘권을 발동한다. 내용은 “측근인 한동훈 검사장이 관여된 의혹이 있는 이른바 ‘검언유착’ 수사에서 완전히 손을 떼라”는 것. “법무부장관은 구체적인 사건에 대해 검찰총장만을 지휘 감독한다”는 검찰청법(제8조)에 따른 조치였다. 그로부터 세 달 뒤, 전현직 검사들에게 술접대를 했다고 폭로한 라임사건 핵심 관계자, 김봉현 스타모빌리티 회장의 옥중 서신이 공개됐다. 추 장관은 두번째 수사지휘권을 발동했다. “윤 총장이 라임사건 수사, 부인과 장모, 그리고 본인 관련 수사와 감찰에서 손을 떼라”는 내용이었다. 윤석열 총장은 국회 국정감사장에 나와 “검찰총장은 장관의 부하가 아니다”라며 반발했다. 11월 24일, 추미애 장관은 판사 사찰, 채널A 사건 수사 및 감찰 방해 등의 이유로 윤석열 총장에 대한 징계 및 직무배제를 발표한다. 얼마 뒤 법무부징계위원회는 ‘정직 2개월’을 결정했다. 하지만 윤석열 총장은 곧바로 법무장관의 집행을 정지해 달라는 가처분 소송을 제기해 승소한 뒤, 2020년 12월 26일 업무에 복귀했다. 세 달 뒤인 2021년 3월 4일, 윤석열 총장은 검찰총장 임기를 네 달여 남기고 스스로 총장직에서 물러났다. 윤 총장은 대검찰청을 떠나면서 “헌법정신과 법치 시스템이 파괴되고 있다. 상식과 정의가 무너지는 것을 더이상 지켜보고 있기 어렵다”고 말했다.