4대강 사업과 관련한 가장 큰 논란은 ‘4대강 보가 녹조를 만드는가?’이다. 이명박 정부는 4대강 사업으로 수질을 개선하겠다고 했지만, 보에 물을 담은 직후인 2012년 여름, 4대강 전체에서 대규모 녹조가 발생했다. 당시 이명박 대통령은 ‘녹조는 폭염 때문'이라고 주장했고, 환경부도 같은 주장을 했다. 박근혜 정부 들어와서야 윤성규 환경부 장관이 '보로 체류시간이 길어진 것이 녹조를 증가시킨다'고 인정했다. 그러나 윤 장관의 인정에 대해 4대강 추진세력은 크게 반발했다. 2017년 대선토론에서 홍준표 자유한국당 후보는 ‘보가 녹조를 심하게 한다'는 문재인 후보를 반박하며 ‘녹조는 질소와 인이 고온다습한 기후와 만났을 때 생긴다'고 주장해 4대강 세력의 논리를 반복했다. 지난해 10월, 국민의힘은 정권교체로 여당이 된 뒤 열린 첫 국정감사에 4대강 사업 전도사를 자임해온 박석순 이화여대 환경공학과 교수를 불러 해당 논리를 국회에서 반복하도록 했다. 박 교수는 "4대강 보 때문에 녹조가 생긴다는 것은 완전히 잘못된 얘기"라고 주장했고, 여당 의원은 "어불성설이라는 말씀이죠?"라며 화답했다. 보가 물 흐름을 느리게 했을 때 녹조가 더 심해지느냐는 지극히 단순한 질문에 대해서도 정권에 따라 답변이 달라지는 모습은, 생각을 공유하기 어려운 대한민국 사회의 분열상을 보여주고 있다. 뉴스타파는 이 문제를 좀 더 객관적으로 바라보기 위해 미국으로 갔다.