그러나 환경단체는 환경부가 여전히 근본적인 대책을 외면하고 있다고 비판했다. 이철재 환경운동연합 생명의강 특위 부위원장은 "현재 낙동강 등에서 발생하는 극심한 녹조 창궐은 4대강 사업 이후 심화했다는 점에서 단순히 자연현상으로 볼 수 없다. 보를 열어 물의 흐름을 회복하고, 불필요한 구조물을 해체해 강의 자연성을 회복하는 것이 국민건강과 안전을 위한 진정한 녹조 문제 선제적 대응체계다. 불행히도 환경부는 이에 대한 언급을 외면하고 있다."고 밝혔다. 우리나라 4대강에서 녹조가 창궐하는 가장 큰 이유는 4대강 보로 인한 물 흐름 정체인데 환경부가 이 문제에 대해서는 손을 놓고 있다는 비판이다.