그런데 이 직후 또 다시 석연찮은 일이 발생한다. 선조위 내부에서 새누리당 추천 이동곤 위원에 대한 '증거 은폐 의혹'이 불거진 것이다. 2014년 당시 한국해양선박플랜트연구소(KRISO) 소속이던 이동곤 위원이 검찰의 의뢰로 세월호 자유모형 항주시험을 실시해 놓고도 결과 보고서를 최종적으로 검찰에 제출하지 않았는데, 이는 당시 검찰이 내린 세월호 침몰 원인과 부합하지 않는 결과가 나왔기 때문이었으며, 이후 선조위 조사위원이 된 이동곤 위원이 이런 사실을 일체 함구한 것은 세월호 침몰의 핵심 증거를 은폐한 행위라는 것이었다. 이동곤 위원은, 당시 검찰 의뢰로 모형시험을 실시해 보고서를 제출했으나 세월호 선원이 적재물 중량에 대해 진술을 번복해 시험의 원데이터가 바뀌어야 하는 상황이 되었고, 이에 검찰이 바뀐 데이터로 재시험을 요청했지만 예정된 재판 때까지 시험을 완료할 수 없다고 하자, 검찰에서 법정 증거 제출을 하지 않겠다며 재시험 의뢰를 취소했던 것이라고 해명했다.